Сапропели имеют ряд преимуществ перед другими различными видами удобрений, а именно: Сапропелевые удобрения имеют более высокую теплоемкость, чем торф (0,95 кал/г град.). Содержат большее количество органических веществ, необходимых растениям, чем торф. Ни одно ископаемое не имеет такого высоко содержания азота, как сапропель. Сапропель содержит меньше сорных растений сравнительно с другими компостами животного происхождения, не заражен болезнетворными бактериями и флорой.

Улучшает механическую структуру, влагопоглатительную и влагоудерживающую способность почвы при внесении в нее, а также активирует почвенные процессы. В производстве древесно-стружечных плит сапропель может использоваться в качестве клея. Из сапропеля образуется кокс, парафиновое масло, бензин, водный аммиак, метиловый спирт при сухой перегонке. Сапропелевые удобрения также повышают пищевую ценность различных продуктов: увеличивают количество протеина и белков в продуктах растениеводства и повышают урожайность овощей, зерновых культур.