Для продления срока службы и повышения эффективности минеральных удобрений, немаловажную роль играет правильная организация их хранения. Минеральные удобрения необходимо хранить в специальных складских помещениях – пристанских и прирельсовых, а также непосредственно в хозяйственных помещениях. Хранение минеральных удобрений на открытом воздухе приводит к ухудшению их качества, так как удобрения отсыревают и слеживаются, понижается уровень содержания в них полезных веществ. Все это приводит к потерям – около 10-12% от массы. Допускается хранение запакованных в полиэтилен удобрений в штабелях, размещенных на специально подготовленных бетонных или асфальтовых площадках. Площадки должны быть, прежде всего, обеспечены отводом от талых и дождевых вод.

Неравномерное поступление в течение года и сезонность применения обуславливают необходимость длительного хранения минеральных удобрений. На складах необходимо оборудовать разовые емкости большого объема. Склады должны размещаться не ближе 200 метров от производственных, жилых или общественных зданий.